為了幫張起靈找回記憶，吳邪、王胖子還有張起靈跟著線索，來到了張起靈的故鄉—廣西巴乃，在巴乃他們發現了張起靈和那支考古隊的背景。這支部隊的成員都是盜墓家族的後人，背後有著神秘的力量。
吳邪他們在巴乃的深山中發現了一個湖，並在湖底看到了一座瑤寨，格局居然和巴乃一模一樣。張起靈和胖子在打撈湖底的東西時失蹤了，吳邪捨命去救，醒來時發現自己躺在一個密閉的山洞中，同時被困的還有張起靈和胖子。
三人想盡一切辦法都未能離開山洞，並且發現岩石中有很多詭異的人影。他們在山洞之中被困的時間一長，聚集到洞壁上的石中人就越來越多，終於，石中人破壁而出。
經過一番惡戰，張起靈和王胖子身受重傷，吳邪將他們救出了山洞。等他們身體康復後，準備再次進行勘探時，卻發現美國人的隊伍已經佔領了整個村子，鐵三角陷入了被動之中。
情急之下，吳邪他們破壞了美國人的設備，然後回到北京，準備下一次冒險。他們調查了當年張家古樓的考古資料，發現了古樓竟然是樣式雷修建的。為了獲得盜墓大家霍老太的支持，吳邪、胖子和悶油瓶大鬧了盜墓賊的拍賣場新月飯店，結果被黑白兩道時同時追殺。
在同是盜墓家族後人的解語花的幫助下，吳邪他們過了這一關，並且得到了霍老太的幫助，兵分二路，吳邪和小花去四川尋找進入張家古樓的機關線索，而霍老太、胖子和張起靈去張家古樓現場等待消息。
吳邪和小花在四姑娘山遇到了一系列危險，都一一客服，終於得到瞭解開機關的密碼，然後由於他們的疏忽，是得他們傳遞出了錯誤的信息，導致使用了錯誤密碼的霍老太一行人消失在了古墓裡，生死未卜。
吳邪面臨全面的結局，特別沮喪。最後小花告訴他，唯一的辦法就是，吳邪戴上他三叔的面具，偽裝成他三叔的樣子，使用三叔的勢力。
吳邪最終戴上了人皮面具，成了自己的三叔，利用三叔的勢力和潘子的幫助，吳邪組織了一個隊伍，試圖進入張家古樓，救出被困的胖子、張起靈和霍老太太一行。
吳邪先是在後山救出了千辛萬苦從石頭中爬出來的胖子，之後，所有人兵分兩路，首先，潘子和小花一組，根據胖子提供的信息，先行下去救人。不成想，守候在湖邊的吳邪等人遇到了一次可怕的襲擊，有人用炸藥炸塌了整座後山，潘子、小花他們進入張家古樓的入口被封死。
隨後，胖子與吳邪經歷千辛萬苦，終於入得古樓，最後只救出張起靈一個，其他人全部死在了張家樓可怕機關之中。
最讓吳邪受打擊的是，他身邊最得力的潘子，也因保護他而死。鐵三角逃出張家樓。美國人裘德考死了，小花重傷逃出古樓後被救，霍老太死在古樓裡，吳邪只帶出了她的頭。世界上，他只剩下了胖子和張起靈兩個戰友。
吳邪心灰意冷，而張起靈卻仍舊要踏上繼續探索的路，胖子因為情傷決定留在巴乃。他們在村中分手，吳邪隻身一人回到杭州，恍如隔世。
然而，事情卻遠沒有結束，吳邪在三叔家的地下發現了一個秘密房間，並且從神秘人那裡得知，他三叔所處的區域，所有的房子都是空的，而且早在十幾年前，就陸續全部被他爺爺收購了。
很快吳邪就發現，張家古樓中的秘密早已經被他的三叔和爺爺轉移了出來，埋在了三叔家的地下，這才是這幾批勢力互相博弈多年卻沒有結果的原因。
就在吳邪以為事情已經平息的時候，張起靈又出現在了他的面前，並告訴他，自己的任務已經完成，即將回到青銅門之中，守護十年時間。
吳邪勸阻無用，只好一路陪同，希望他回心轉意。然而，張起靈非常決絕，他們最終在長白山分別，吳邪回到杭州，等待著與張起靈的十年之約。
《盜墓筆記》的故事到此結束。
本書中的故意，發生的張起靈進入青銅門五年之後。五年裡，吳邪在處理三叔的生意的同時，也在尋找更多關於張起靈的消息。終於，一個神秘的蠍子引出了關於張起靈的線索，吳邪遠赴西藏，和胖子一起，尋找張起靈的過去。
《盜墓筆記之藏海花Ⅰ：雪山閻王騎屍之謎》附錄完