由於只是臨時措施，與亞洲艦隊的其他戰艦一樣，「自然選擇」號的艦長許可權交接儀式是簡短和低調的，在場的只有艦長東方延緒、執行艦長章北海、第一副艦長列文和第二副艦長井上明，還有來自總參謀部的一個特別小組。
在這個時代，技術的極致發展並未能掩蓋基礎理論的停滯。「自然選擇」號對許可權的識別仍然採用章北海在過去的時代就熟悉的瞳孔、指紋和口令的三位一體，太空戰艦的人工智能仍然無法識別出一個人的面容。
總參特別小組完成了系統中艦長許可權識別的瞳孔和指紋資料的重新設定，然後東方延緒向章北海交出了她的口令：「Men always remember love because of romance only」〔註：傳說中萬寶路的英文含義〕東方延緒說出口令後，用挑戰的目光看著章北海。
「你好像不抽煙。」章北海從容應對。
「而且這個牌子已經在大低谷時消失了。」東方延緒帶著一絲失望垂下眼睛說。
「不過這個口令真的很好，在那時也沒有多少人知道。」章北海說。
艦長和副艦長都離開了，章北海將獨自修改艦長的口令，最後取得對「自然選擇」號的艦長控制權。
「他真的很聰明。」當球形艙的門消失後，井上明說。
「古代的智慧。」東方延緒說，她盯著艙門消失的地方，像要把那裡看透似的，「他從兩個世紀前帶來的東西，我們永遠學不會，可他卻能學會我們的。」
然後三人沉默了，靜靜地等待著。五分鐘過去了，對於重置口令的操作，這時間顯然太長了，而即將成為艦長的章北海，是培訓後的特遣隊成員中對戰艦指揮系統操作最熟練的人。又過了五分鐘，兩名副艦長不耐煩地在廊道裡浮游起來，只有東方延緒仍靜靜地站立不動。
終於，門又在艙壁上出現了。三人驚奇地發現，球形艙裡變黑了，章北海調出了星圖的全息顯示，並遮罩了圖上所有的標度線，只留下閃亮的星星，以至從門這邊看去，他仿佛懸浮於飛船外的太空中，與他一起懸浮著的還有一塊亮著的操作介面。
「我做完了。」章北海說。
「怎麼用了這麼長時間？」列文不滿地問。
「你是在享受得到『自然選擇』號的快感嗎？」井上明問。
章北海沒有說話，他的眼睛也沒看操作介面，而是遙望著星圖上遠方的星辰，東方延緒注意到，在他注視的方向，有一個綠色光點在閃動。
「要是那樣就太可笑了。」列文接過井上明的話說，「我需要提醒你，艦長仍是東方大校，執行艦長不過是一道防火牆而已，這樣說不好聽，但最接近實情。」
井上明接著說：「而且這種狀態不會持續太長的，對艦隊的調查已經接近尾聲，基本證明了鋼印族並不存在。」
井上明還想說什麼，但被艦長的一聲低低的驚呼打斷了，「哦，天啊。」東方延緒說，兩位副艦長順著她的目光看去，看到了章北海面前的操作介面，因而也看到了「自然選擇」號太空戰艦目前所處的狀態。
戰艦已被設定為無人遙控狀態，因而繞過了四級加速前對乘員深海狀態的檢測，戰艦與外界的通訊也被完全切斷，最後，戰艦完成了進入最高推進功率的絕大部分艦長設定，只需再按動一個按鈕，「自然選擇」號將以最大的加速度駛向星圖上已經設定的目標。
「不，別這樣。」東方延緒說，聲音低得只有自己能聽到，這話是說給她前面呼喚過的那個「天」聽的，以前，她自己並不相信它的存在。而現在，她的祈禱是真誠的。
「你瘋了？」列文喊道，與井上明一起向艙內衝去，但立刻撞在艙壁上，門並沒有出現，只是那一個橢圓形區域的艙壁變得透明了。
「『自然選擇』號將進入『前進四』，全艦人員立刻進入深海狀態。」章北海說，他的聲音冷峻而沉穩，每一個字都長久地浮在空氣中，像立在寒風中的古老鐵錨。
「這不可能！」井上明說。
「你是鋼印族嗎？」東方延緒問，她飛快地使自己冷靜下來。
「你知道我不可能是。」
「ETO？」
「也不是。」
「那你是誰？」
「一個盡責任的軍人，為人類的生存而戰。」
「為什麼這樣做？」
「加速完成後再解釋，再說一遍：全艦人員進入深海狀態。」
「這不可能！」井上明重複道。
章北海轉過頭來，他沒有看兩位副艦長，目光直視東方延緒，這目光立刻使東方想起了太空軍的軍徽，星星和劍在其中都有。
「東方，我說過，如果不得不殺了你，我很抱歉。時間不多了。」他說。
這時在章北海所在的球形艙內，深海加速液開始出現，它們在失重中形成一個個球體，每個球體上，都有章北海的操作介面和星圖的變形映射。液球飄浮著，開始相互組合成更大的球。兩位副艦長都看著東方延緒。
「照他說的做，全艦進入深海狀態。」艦長輕聲說。
兩位副艦長凝視著她，他們都知道「前進四」時未處於深海保護狀態下的人是什麼下場：身體被超過自身重量一百二十倍的超載緊貼在艙壁上，先迸射出的是血液，超重下攤成極薄的一層，血漬的面積大得不可想像並呈放射狀；然後擠出的是內臟，也很快被壓成薄薄的一層，與被壓成一片的身體一起，構成一幅醜陋的達利風格〔註：薩爾瓦多．達利，超現實主義繪畫大師〕的畫……他們同時轉身離去，向全艦發佈進入深海狀態的命令。
「你是一個合格的艦長。」章北海對著東方延緒點點頭，「這就是成熟。」
「我們要去哪裡？」東方延緒問。
「不管去哪裡，都是一個比留在這裡更負責任的選擇。」
章北海說完，就被深海加速液完全淹沒了，東方延緒只能透過已充滿球形艙的液體看到他模糊的身影。
章北海懸浮在半透明的液體中，想起了他兩個世紀前在海軍服役時深度潛水的經歷。當時他沒有想到海洋中的幾十米深處已經是那麼黑，懸浮在那個世界中，很有後來身處太空的感覺，海洋是太空在地球上的縮影。他試著在液體中呼吸了一下，神經反射使他劇烈地咳嗽起來，咳出的液體和殘留氣體產生的反衝力使他的身體傾斜了，但想像中的窒息並沒有出現。清涼的液體充滿了肺部，其中富含的氧繼續融進他的血液，他能夠像魚一樣自由呼吸了。章北海看著懸浮在液體中的顯示介面，看到深海加速液依次充滿飛船上各個有人的艙室，
這個過程持續了十多分鐘。漸漸地，他的意識開始模糊，呼吸液中開始注入催眠成分，以使飛船上的所有人進入睡眠狀態，避免四級加速時的高壓和相對缺氧對大腦的損害。
章北海感到父親的靈魂從冥冥中降落到飛船上，與他融為一體，他按動了操作介面上那個最後的按鈕，心中默念出那個他用盡一生的努力所追求的指令：「『自然選擇』，前進四！」
木星軌道上突然出現了一顆小太陽，它強烈的光芒使得行星上大氣層中的磷光黯然失色。拖著這顆小太陽的「自然選擇」號恒星級戰艦緩緩駛出亞洲艦隊的軍港，然後急劇加速，把艦隊中其他戰艦的影子投到木星表面，每個影子的大小都可能容下一個地球。十分鐘後，一個更大的影子投向木星，仿佛給這顆巨行星的表面拉上一塊幕布，這是「自然選擇」號在掠過木衛一。
直到這時，亞洲艦隊統帥部才確認了這個令人難以置信的事實：
「自然選擇」號叛逃了！
歐洲和北美艦隊向亞洲艦隊提出抗議和警告，它們最初認為這可能是亞洲艦隊擅自攔截三體探測器的行動。但很快從「自然選擇」的航向上發現不是這麼回事，它的航向與三體入侵的方向相反。
各個系統向「自然選擇」號的呼叫因得不到回答而漸漸平息下來，追擊和攔截行動開始部署。但統帥部很快發現，目前對叛艦幾乎無事可做。在木星的眾多衛星上，有四顆衛星的火力可以摧毀「自然選擇」號，但這是一個不可能採取的行動，實施叛逃行動的應該只是艦上的極少數甚至一個人，兩千多名在深海狀態中的官兵都是人質。所以，在木衛二上伽馬射線鐳射武器的基站中，指揮官們只能看著那顆小太陽掠過天空飛向外太空。在它的光芒下，木衛二的廣闊冰原上像是撒滿了燃燒的白磷。
「自然選擇」號依次穿過木星的十六顆大衛星的軌道，在穿越木衛四軌道時已經達到了木星的逃逸速度。從亞洲艦隊基地看去，那顆小太陽漸漸縮小，變成一顆明亮的星星，但在以後長達一個星期的時間裡，這顆星星仍依稀可見，在群星中隱現著亞洲艦隊無盡的傷痛。
由於需要進入深海狀態，追擊艦隊在「自然選擇」號離去後四十五分鐘才起航，木星系統再一次被六個太陽照耀。
在已經停止旋轉的亞洲艦隊司令部裡，艦隊司令默默地面對著處於黑夜一面的巨大的木星，在他下方一萬公里的大氣層中，有一片閃電出現，剛剛離去的「自然選擇」號和追擊艦隊的聚變發動機向木星發出了強大的輻射，使大氣電離引發了閃電。這個距離上只能看到被每一次閃電所照亮的周圍大氣的光暈，不同位置的光暈轉瞬即逝，使得木星的這一片區域像滴落著螢光雨點的池塘。
「自然選擇」號在沉默中持續加速到光速的百分之一後，它的聚變燃料的消耗已經越過折返點，憑自己的動力已經不可能返回太陽系，它成為了一艘永遠在外太空流浪的孤舟。
亞洲艦隊司令遙望星空，試圖看到那顆星星，但沒有找到，那個方向上，只有追擊艦隊的聚變發動機發出的六點暗弱的星光。他很快得到報告，「自然選擇」號已經停止加速。稍後，「自然選擇」號與艦隊的通訊恢復了。以下是通話記錄，由於飛船的位置已在五百萬公里之外，對話有十多秒鐘的時滯。
「自然選擇」號：「『自然選擇』呼叫亞洲艦隊！『自然選擇』呼叫亞洲艦隊……」
亞洲艦隊：「『自然選擇』號，亞洲艦隊已收到你的呼叫，請報告艦上情況。」
「自然選擇」號：「我是執行艦長章北海，要直接同艦隊司令官對話。」
艦隊司令：「我在聽著。」
章北海：「我對『自然選擇』號的脫離航行負完全責任。」
艦隊司令：「還有別人需要負責嗎？」
章北海：「沒有，只有我一人，這次事件與『自然選擇』號上的其他成員沒有任何關係，東方延緒艦長在關鍵時刻做出了正確的決定。」
艦隊司令：「我要與她通話。」
章北海：「現在不行。」
艦隊司令：「目前艦上情況如何？」
章北海：「一切良好，除我之外的所有艦上人員仍在深海狀態中，動力系統和生態系統運轉正常。」
艦隊司令：「你叛逃的原因？」
章北海：「逃離是事實，但我沒有背叛。」
艦隊司令：「原因？」
章北海：「在這場戰爭中，人類必敗。我只是想為地球保存一艘恒星際飛船，為人類文明在宇宙中保留一粒種子、一個希望。」
艦隊司令：「這麼說，你是逃亡主義者。」
章北海：「我只是一名盡自己責任的軍人。」
艦隊司令：「你接受過思想鋼印嗎？」
章北海：「您知道這不可能，我冬眠時這種技術還沒有出現。」
艦隊司令：「那你的這種異常堅定的失敗主義信念讓人不可理解。」
章北海：「我不需要思想鋼印，我是自己信念的主人。這種信念之所以堅定，是因為它不是來自我一個人的智慧。早在三體危機出現之初，父親和我就開始認真思考這場戰爭最基本的問題。漸漸地，父親身邊聚集了一批有著深刻思想的學者，他們包括科學家、政治家和軍事戰略家，他們稱自己為未來史學派。」
艦隊司令：「這是一個秘密組織嗎？」
章北海：「不是，他們研究的問題很基礎，討論從來都是公開進行的，甚至還由軍方和政府出面，召開了幾次未來史學派的學術研討會。正是從他們的研究中，我確立了人類必敗的思想。」
艦隊司令：「可是現在，未來史學派的理論已被證明是錯誤的。」
章北海：「首長，您低估了他們。他們不但預言了大低谷，也預言了第二次啟蒙運動和第二次文藝復興，他們所預言的今天的強盛時代，幾乎與現實別無二致。最後，他們也預言了末日之戰中人類的徹底失敗和滅絕。」
艦隊司令：「可是，你現在身處的飛船，能夠以光速的百分之十五航行。」
章北海：「成吉思汗的騎兵，攻擊速度與二十世紀的裝甲部隊相當；北宋的床弩，射程達一千五百米，與二十世紀的狙擊步槍差不多；但這些仍不過是古代的騎兵與弓弩而已，不可能與現代力量抗衡。基礎理論決定一切，未來史學派清楚地看到了這一點。而你們，卻被迴光返照的低級技術蒙住了眼睛。你們躺在現代文明的溫床中安於享樂，對即將到來的決定人類命運的終極決戰完全沒有精神上的準備。」
艦隊司令：「你來自一支偉大的軍隊，他們曾戰勝了裝備遠比自己先進的敵人，甚至僅憑繳獲的武器就打勝了一場世界罕見的大規模陸戰。你的行為，辱沒了這支軍隊的榮耀。」
章北海：「尊敬的司令官，我比您更有資格談論那支軍隊，因為我家祖孫三代都在其中服役。我的爺爺曾在朝鮮戰場用手榴彈攻擊美軍的『潘興』坦克，手榴彈砸到坦克上滑下來爆炸，目標毫髮未損，爺爺在被坦克上的機槍擊中後，又被履帶軋斷雙腿，在病榻上度過了後半生，但比起同時被軋成肉醬的兩名戰友來，他還算幸運……正是這支軍隊的歷程，使我們對戰爭中與敵人的技術差距刻骨銘心。你們所知道的榮耀是從歷史記載中看到的，我們的創傷是父輩和祖輩的鮮血凝成的，比起你們，我們更知道戰爭是怎麼回事。」
艦隊司令：「叛逃計畫是什麼時候產生的？」
章北海：「我重申──自己沒有背叛，但逃亡是事實。這個計畫從見父親最後一面時就產生了，他用最後的目光告訴了我該怎樣做，我用了兩個世紀來實施這個計畫。」
艦隊司令：「為此你把自己偽裝成一個堅定的勝利主義者，你的偽裝很成功。」
章北海：「但常偉思將軍幾乎識破了我。」
艦隊司令：「是的，他敏銳地意識到自己從未看清你的勝利主義信念的基礎，你後來對能夠進行恒星際航行的輻射推進型飛船的不正常的熱衷，更加劇了他的懷疑。他一直反對你進入增援未來特遣隊，但無法違背上級的指示。在給我們的信中，他提出了警告，但卻是以那個時代所特有的含蓄方式提出的，結果被我們忽略了。」
章北海：「為了得到能夠進行星際逃亡的飛船，我殺了三個人。」
艦隊司令：「這我們不知道，可能誰也不知道，但有一點應該肯定：那時所確定的研究方向對後來的宇航技術發展是至關重要的。」
章北海：「謝謝你告訴我這個。」
艦隊司令：「我還要告訴你，你的計畫失敗了。」
章北海：「也許會，但現在還沒有。」
艦隊司令：「『自然選擇』號在起航時只加注了五分之一的聚變燃料。」
章北海：「但我只能立刻行動，以後就沒有機會了。」
艦隊司令：「這樣，你只能加速到光速的百分之一，你不敢過多消耗燃料，因為飛船的生態循環系統需要能量來維持運轉，這段時間少則幾十年，多則幾個世紀。而以這樣的速度航行，追擊艦隊能夠很快追上你們。」
章北海：「我仍控制著『自然選擇』號。」
艦隊司令：「不錯，你當然知道我們的擔心：追擊會使你繼續加速，耗盡燃料，沒有能量的生態系統將停止轉動，『自然選擇』號將變成一艘接近絕對零度的死船。所以追擊艦隊暫時不會與『自然選擇』號近距離接觸，我們很有信心地認為，『自然選擇』號上的指揮官和士兵會解決自己戰艦的問題。」
章北海：「我也相信一切問題都會解決的，我將負自己應該負的責任，但目前我仍堅信，『自然選擇』號處在正確的航向上。」