第一銀河帝國的歷史已經持續萬年之久，銀河中每顆行星都臣服於帝國的中央集權統治之下。帝國的政體時而專制，時而開明，卻總是將銀河治理得井然有序。久而久之，人類便忘卻還存在其他可能的情況。
只有哈里．謝頓是唯一的例外。
哈里．謝頓是第一帝國最後一位偉大的科學家，他最大的成就，在於將心理史學發展到登峰造極之境。這門學問是社會科學的精華，能夠將複雜至極的人類行為，化約成明確而嚴密的數學方程式。
個人的行為雖然無法預測，然而謝頓卻發現，人類群體的反應能夠以統計方法處理，人數越多，其計算就越精準。謝頓的研究對象，是銀河系中所有的人類，而在他那個時代，銀河總人口數已達到千兆之眾。
在鑽研心理史學的過程中，謝頓發現了一個驚人的事實，那就是表面上強盛無比的帝國，實際上已病入膏肓，注定將要崩潰衰亡。這個預言與當時所有的常識，以及一般人的信念都恰恰相反。謝頓預見（或者應該說，他解出了自己導出的方程式，再解釋其中的象徵性意義），如果放任這種情況繼續發展，銀河將會歷經三萬年悲慘的無政府時期，然後另一個大一統的政府方能出現。
於是，他開始了力挽狂瀾、扭轉乾坤的努力，試圖將前述的三萬年無政府狀態縮減成一個千年，也就是說，要讓和平與文明在千年之後重現。為了達到這個目的，他謹慎地設立了兩個科學家的根據地，將之命名為「基地」，並故意設在「銀河中兩個遙相對峙的端點」。其中一個基地的一切完全公開，而另外那個第二基地的存在，則幾乎沒有留下任何形式的記錄。
第一基地最初三個世紀的歷史，在《基地》、《基地與帝國》這兩本書中已有詳盡的敘述。它最初只是由百科全書編纂者構成的小型社群，在銀河外緣虛無的太空中漸漸被人遺忘。週期性的危機一個接一個衝擊這個基地，各個危機都蘊涵著當時人類集體行為的各種變數。它的行動自由被限制在一條特定的軌跡上，只要沿著這條軌跡不斷前進，就必定會有柳暗花明的發展，進而得以開展另一個新局。而這一切，都是由早已作古的哈里．謝頓一手策劃的。
第一基地憑藉著優越的科技成就，首先征服了周圍數個落後的行星，然後又面臨了從垂死帝國脫離、割地稱雄的大小軍閥，並且將他們一一擊敗。接著，它又與帝國的殘軀發生正面衝突，結果戰勝了帝國最後一名強勢皇帝，以及他麾下最後一位真正的大將。
不過第一基地遇到的下一個對手，卻是連哈里．謝頓也無法預見的一名異人。這位自稱為「騾」的人物是一個突變異種，天生擁有強大無匹的精神力量，能夠隨意改變人類的情感，進而重塑他人的心靈。他可以將最強硬的死敵改造成最忠誠的僕人，任何的軍隊都不能──也不會──與他為敵。第一基地終於也難逃陷落的命運，而謝頓計劃眼看就要瓦解消失。
然而，謎一般的第二基地依舊存在，因此也就成了眾矢之的。騾必須將它剷除，才能完成征服銀河的壯舉；而第一基地為了另一個完全不同的理由，也非得把它找出來不可。但是它究竟在哪裡？卻沒有任何人知道。
本書所敘述的故事，就是各方人馬尋找第二基地的傳奇！