花岡靖子與女兒美里一同住在公寓裡兩人相依為命，某天靖子的前夫富樫慎二突然造訪，不管搬到哪裡前夫都像瘟神一樣地會找上門來，和前夫發生激烈衝突的靖子，一不小心將前夫殺死。面對今後該何去何從的兩母女，鄰居天才數學家的石神出手救了她們，他以特殊的思考邏輯指示兩母女該如何面對接下來的事。
3月11日在舊江戶川中發現一具屍體，警方斷定這是富樫慎二的屍體，因此展開調查，並對關係人花岡母女進行搜查。然而案情產生膠著，非常苦惱的草薙警官只好再找天才物理學家湯川學來幫忙。
而石神與湯川竟然是大學時代的好朋友，原本只是旁觀者的湯川，終於將石神的犯罪手法給解開？