「究竟要以什麼樣的速度活下去，才能再度見到你？」
時間是一九九○年代至二○○○年代的日本，遠野貴樹與篠原明里原本是同班同學的好朋友，自從小學畢業之後，兩人因搬家都沒有再見一次面。
分隔兩地的兩個人，靠著書信往來保持聯絡，直到貴樹知道即將跟隨家人搬到鹿兒島，距離明里更遠的地方，於是兩人約定了再見面的時間。計畫好的行程，卻遇上了暴風雪。之後大家都長大了，各有各的生活，但對彼此的思念，一直留在心中。
由三個故事構成，分別是〈櫻花抄〉描述貴樹和明里的相遇與離別、〈太空人〉描述在別人眼中的貴樹、〈秒速5公分〉描述之後他們各人的生活事情和貴樹內心的徬徨。